• /
• Kalendarium /
• Analiza danych RNAseq, mikromacierzy oligonukleotydowych oraz CAGE

Analiza danych RNAseq, mikromacierzy oligonukleotydowych oraz CAGE

Data rozpoczęcia	2016-06-10
Data zakończenia	2016-06-11
Organizator	MBS - Szkolenia, Konferencje, Usługi Sp. z o.o.
Miejsce	Warszawa
Branże	Farmacja, Biotechnologia, Kosmetologia
Email rekrutacji	mbs@mbs.biz.pl
Dodaj do kalendarza

Tematem wiodącym warsztatów będzie analiza transkrypcji genów z wykorzystaniem danych RNAseq, mikromacierzy oligonukleotydowych oraz CAGE (Cap Analysis of Gene Expression)

Tematyka warsztatów obejmuje:

Wpływ zróżnicowania technologii na akwizycję i analizę danych

Pochodzenie błędów systemowych i konieczność normalizacji danych

Next generation sequencing – analiza transkryptomu, RNAseq, CAGE i SAGE:

                        akwizycja i filtracja danych

                        metody normalizacji danych i raportowanie wyników oznaczeń bezwzględnych

Mikromacierze – transkryptomika – analiza danych:

            short oligonucleotide arrays vs. long oligonucleotide arrays

            Specyfika algorytmów do analizy danych

przetwarzanie danych (algorytmy analizy obrazu: identyfikacja punktów hybrydyzacji, korekcja tła)

                        filtrowanie danych (algorytmy normalizacji, transformacji i reskalowania)

analiza statystyczna (T-Test dla mikromacierzy, analiza bayesowska mikromacierzy, korekcja istotności statystycznej pod względem wyników fałszywie pozytywnych)

Interpretacja wyników:

Identyfikacja i analiza ścieżek sygnałowych, metabolicznych, procesów biologicznych i zależności strukturalnych

            wektory ekspresji genów i metody pomiaru dystansu pomiędzy wektorami

            algorytmy klastrowania i metody pomiaru dystansu pomiędzy klastrami

Praktyczne wykorzystanie baz danych mikromacierzy i NGS:

            Przegląd baz i narzędzi on-line (COSMIC, Cytoscape, Enrich, GeneMANIA, ZENBU)

            GEO – Gene Expression Omnibus – narzędzia analizy on-line

TCGA – The Cancer Genome Atlas- narzędzia do analizy on-line (cBioPortal i Firehose)

GenePattern – uniwersalny zestaw algorytmów do analizy mikromacierzy, NGS, spektrometrii masowej, cytometrii przepływowej i wielu innych metod....

Prowadzący:  Prof. Andrzej Bednarek, dr hab. Tadeusz Malewski

Miejsce:  Warszawa

Karty Zgłoszenia oraz opłaty należy przesyłać do dnia 4 czerwca 2016 r.

Ponieważ ilość miejsc jest ograniczona organizatorzy zastrzegają sobie prawo do wcześniejszego zamknięcia listy w przypadku wyczerpania wolnych miejsc.

Dodatkowych informacji udziela:

Dr Arleta Malewska: mbs@mbs.biz.pl, Tel (22) 668 24 83;  607  929 471