Portal Labnews.pl korzysta z Javascript. Włącz go w swojej przeglądarce, aby w pełni cieszyć się portalem. Nie wiesz jak? Kliknij tutaj.

Łatwe programowanie dla biologów w języku Python

Data rozpoczęcia	2017-04-22
Data zakończenia	2017-04-23
Organizator	ideas4biology Sp. z o.o.
Miejsce	Wydział Biologii UAM w Poznaniu
Branże	Farmacja, Biotechnologia, Kosmetologia
Email rekrutacji	office@ideas4biology.com
Dodaj do kalendarza

Kurs odbędzie się w dniach 22-23 kwietnia 2017 r. na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu (ul. Umultowska 89).

Oto zagadnienia, które zostaną poruszone podczas kursu:

Poznajemy język Python

W tej części kursu dowiemy się czym jest język Python i jak możemy go wykorzystać w biologii. Poznamy podstawowe instrukcje (if, while oraz for) i struktury danych (lista i słownik). Napiszemy pierwszy program. Nauczymy się odczytywać dane z pliku i dokonywać ich obróbki. Poznamy także podstawowe funkcje języka Python i dowiemy się jak tworzyć własne funkcje.

Pracujemy na danych biologicznych: BioPython

Poznamy BioPythona, bioinformatyczną bibliotekę języka Python. Dowiemy się, jak parsować biologiczne formaty plików (m.in. FASTA i GenBank). Nauczymy się analizować pliki wynikowe programów BLAST i BLAT. Ponadto połączymy się zdalnie z biologicznymi bazami danych by efektywnie je przeszukiwać i pobierać z nich dane.

Realizujemy zaawansowane zadania

Nauczymy się tworzyć logo sekwencji; będziemy pracować z plikami zawierającymi adnotacje (BED, GTF); wykonamy analizy statystyczne i dowiemy się jak tworzyć zaawansowane wykresy; wykonamy podstawową obróbkę danych NGS.

Projekt

Podczas kursu każdy uczestnik wykona dwa projekty pozwalające sprawdzić zdobytą wiedzę i umiejętności. Będą one polegały na napisaniu i uruchomieniu programów w języku Python.