• /
• Kalendarium /
• NGS w badaniach regulacji genów

NGS w badaniach regulacji genów

Data rozpoczęcia	2017-06-24
Data zakończenia	2017-06-25
Organizator	ideas4biology Sp. z o.o.
Miejsce	Wydział Biologii UAM w Poznaniu
Branże	Farmacja, Biotechnologia, Kosmetologia
Email rekrutacji	office@ideas4biology.com
Dodaj do kalendarza

Oto zagadnienia, które zostaną poruszone podczas kursu
 

• Wykrywanie miejsc wiązania białek do genomu za pomocą technik ChIP–Seq oraz ChIP–exo
• Wyszukiwanie i analiza motywów sekwencyjnych, tworzenie loga sekwencji (HOMER)
• Wizualizacja danych (IGV) i porównywanie wyników ChIP–Seq między próbkami
• Analiza stanu chromatyny: wykrywanie modyfikacji histonów (ChIP–Seq) oraz rejonów otwartej chromatyny (DNase–Seq, FAIRE–Seq), pozycjonowanie nukleosomów (MNase–Seq)
• Metylacja DNA: dowiemy się jak poznać wzór metylacji w oparciu o dane RRBS-Seq oraz MeDIP–Seq
• Analiza RNA: nauczymy się analizować transkrypcję w komórce za pomocą technik GRO–Seq i TSS–Seq, analizować będziemy również oddziaływania RNA–białko (CLIP–Seq, RIP–Seq)
• Bazy danych: Omówimy reprezentatywne bazy danych mikroRNA i innych regulatorowych RNA
• Identyfikacja mikroRNA: Będziemy szukać mikroRNA w oparciu o różne strategie. Wykorzystamy m.in. programy: ShortStack i miRDeep2
• Sekwencje docelowe mikroRNA: Nauczymy się identyfikować sekwencje docelowe in silico, jak również z wykorzystaniem bibliotek degradomowych

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?
Kurs przeznaczony dla wszystkich osób, które chcą poznać zastosowanie oraz sposoby analizy danych związanych z sekwencjonowaniem nowej generacji w kontekście badania regulacji genów. Niezależnie od tego, czy planują Państwo analizować dane samodzielnie, czy współpracować ze specjalistami w tej dziedzinie, na pewno warto wzbogacić swoją wiedzę o tego typu zagadnienia. Od uczestników kursu nie jest wymagana umiejętność programowania.

Czy sobie poradzisz? Na pewno!
Kurs przygotowany jest tak, aby każdy, nawet najbardziej początkujący uczestnik, mógł sobie bez problemu poradzić z wykonaniem wszystkich zadań. Nie jest wymagana umiejętność programowania. Mile widziana jest znajomość formatów FASTQ oraz BAM/SAM.