• /
• Kalendarium /
• NGS w badaniach regulacji genów.

NGS w badaniach regulacji genów.

Data rozpoczęcia	2014-09-27
Data zakończenia	2014-09-28
Organizator	Ideas For Biology s.c.
Miejsce	Poznań
Branże	Farmacja, Biotechnologia
Dodaj do kalendarza

27-28 września 2014, Poznań

NGS w badaniach regulacji genów.

Kurs przeznaczony dla wszystkich osób, które chcą poznać zastosowanie oraz sposoby analizy danych związanych z sekwencjonowaniem nowej generacji w kontekście badania regulacji genów. Niezależnie od tego, czy planują Państwo analizować dane samodzielnie, czy współpracować ze specjalistami w tej dziedzinie, na pewno warto wzbogacić swoją wiedzę o tego typu zagadnienia. Od uczestników kursu nie jest wymagana umiejętność programowania.

Podczas kursu zostaną poruszone m.in. następujące zagadnienia:

1. Metylacja: Dowiemy się jak poznać wzór metylacji w oparciu o dane RRBS-Seq - programy Bismarck i bsmap.
2. ChIP-Seq: Nauczymy się wykrywać miejsca wiązania białek (MACS) i modyfikacji histonów (HOMER), a także porównywać wyniki między próbkami.
3. CLIP-Seq: Omówimy narzędzia do analizy danych CLIP-Seq - Pyicoteo
4. Przypisywanie analizowanych rejonów (rejonów metylacji, wiązania białek etc.) do znanych genów (BEDTools).
5. Wyszukiwanie i analiza motywów sekwencyjnych, tworzenie loga sekwencji.
6. Wizualizacja danych (IGV).
7. Bazy danych: Omówimy reprezentatywne bazy danych mikroRNA i innych regulatorowych RNA.
8. Identyfikacja mikroRNA: Będziemy szukać mikroRNA w oparciu o różne strategie. Wykorzystamy m.in. programy: microPred, HuntMi i miRDeep.
9. Sekwencje docelowe mikroRNA: Nauczymy się identyfikować sekwencje docelowe in silico, jak również z wykorzystaniem bibliotek degradomowych.
10. Identyfikacja innych małych regulatorowych RNA: Wykorzystamy programy PAREsnip i ShortStack do scharakteryzowania transkryptomu małych RNA u Arabidopsisthaliana.

Koszt uczestnictwa wynosi 700 zł dla osób finansowanych przez jednostki naukowe/edukacyjne oraz 700 zł + VAT (861 zł) dla pozostałych osób.

Więcej informacji oraz formularz rejestracyjny pod adresem:

http://ideas4biology.com/pl/kurs_27-28_09_2014.php