NGS w badaniach regulacji genów

Dzień pierwszy: część I

• Metylacja: Dowiemy się jak poznać wzór metylacji w oparciu o dane RRBS-Seq - programy Bismarck
  i bsmap.
• ChIP-Seq: Nauczymy się wykrywać miejsca wiązania białek (MACS) i modyfikacji histonów (SICER), a także porównywać wyniki między próbkami (ChIPDiff).
• CLIP-Seq: Omówimy narzędzia do analizy danych CLIP-Seq - Pyicoteo i Piranha.

Dzień pierwszy: część II

• Przypisywanie analizowanych rejonów (rejonów metylacji, wiązania białek etc.) do znanych genów (BEDTools).
• Wyszukiwanie i analiza motywów sekwencyjnych (MEME), tworzenie loga sekwencji (WebLogo).
• Wizualizacja danych (IGV).

Dzień drugi: część I

• Bazy danych: Omówimy reprezentatywne bazy danych mikroRNA i innych regulatorowych RNA.
• Identyfikacja mikroRNA: Będziemy szukać mikroRNA w oparciu o różne strategie. Wykorzystamy
  m.in. programy: microPred, HuntMi i miRDeep.

Dzień drugi: część II

• Sekwencje docelowe mikroRNA: Nauczymy się identyfikować sekwencje docelowe in silico, jak również
  z wykorzystaniem bibliotek degradomowych.
• Identyfikacja innych małych regulatorowych RNA: Wykorzystamy programy PAREsnip i ShortStack
  do scharakteryzowania transkryptomu małych RNA u Arabidopsis thaliana.